В 1993 году окончил Российский государственный медицинский университет (РГМУ) по специальности лечебное дело.

1993 – 2003 г.г. работал в Национальном научно-исследовательском институте наркологии (ННЦН) Минздравсоцразвития России (г. Москва) в отделении клинических исследований наркоманий, осуществлял лечебную и научную работу.

В 1999 году защитил кандидатскую диссертацию по теме: «Клинические проявления изменений личности у больных наркоманиями». Разработал многофакторный опросник для больных с зависимостями.

С 2003 г. работал в Федеральном центре экспертизы и реабилитации инвалидов (ФЦЭРИ) Минздравсоцразвития России, в котором организовал  соматопсихиатрическое отделение для больных наркоманией, осложненных соматической патологией.

С 2004 г. в Медицинский центр Управления делами Президента Российской Федерации (Клинический санаторий «Барвиха»).

С 2005 г. осуществлял организаторскую и научную работу по психиатрии и наркологии в правоохранительных органах. Разработал и внес предложение об организации химико-токсикологической и психофизиологической диагностики, психолого-психиатрической, помощи и реабилитации сотрудников. Наряду с организационно-методической занимался научной, экспертной работой, осуществляя медицинское освидетельствование и контроль за состоянием военно-врачебной экспертизы по психиатрии-наркологии. Осуществлял организаторскую работу по реализации стратегии государственной антинаркотической политики в сфере лечения, профилактики и реабилитации наркологических заболеваний.

В 2009 году окончил Российскую академию государственной службы при Президенте Российской Федерации (РАГС) по специальности психология.

В марте 2010 года защитил диссертацию (дсп) на соискание ученой степени доктора медицинских наук в Военно-медицинской академии им. С.М. Кирова (г. Санкт-Петербург).

С 2010 г. – заместитель директора по клинической работе-главный врач ФГБУ «Московский НИИ психиатрии» Минздрава России.

Имеет сертификаты по психиатрии-наркологии, психиатрии, психотерапии, организации здравоохранения и общественному здоровью.

Козлов А.А. участвовал в радио, телевизионных передачах, давал интервью как отечественным, так и зарубежным корреспондентам по проблеме – «Здоровье нации» и др., связанными с организацией лечебной и научной деятельности института. По запросу депутатских групп Государственной Думы и в их составе был командирован Минздравом России в региональные и международные экспертные поездки по медико-социальным, наркологическим проблемам здравоохранения России.

Многократно участвовал в различных международных научно-практических конференциях, симпозиумах, с докладами и постерными сообщениями.

Козлов А.А. является автором и соавтором 130 научных работ, включая монографии.

С 2001 г. — член Европейской ассоциации психиатров (AEP – Association of European Psychiatrists).

С 2006г. – член контрольно-ревизионной комиссии Российского общества психиатров.

С 2004 г. – в Совете директоров Европейского журнала «Heroin Addiction and Related Clinical Problems».

С 2009 г. – член редакционного совета журнала РАМН «Наркология».

Награжден ведомственными наградами.