Родился 20 августа 1966 г. в Ивановской области РСФСР.
В 1993 году окончил Российский государственный медицинский университет (РГМУ) по специальности лечебное дело.
1993 – 2003 г.г. работал в Национальном научно-исследовательском институте наркологии (ННЦН) Минздравсоцразвития России (г. Москва) в отделении клинических исследований наркоманий, осуществлял лечебную и научную работу.
В 1999 году защитил кандидатскую диссертацию по теме: «Клинические проявления изменений личности у больных наркоманиями». Разработал многофакторный опросник для больных с зависимостями.
С 2003 г. — в Федеральном центре экспертизы и реабилитации инвалидов (ФЦЭРИ) Минздравсоцразвития России, в котором организовал соматопсихиатрическое отделение для больных наркоманией, осложненных соматической патологией.
С 2004 г. — в Медицинском центре Управления делами Президента Российской Федерации (Клинический санаторий «Барвиха»).
С 2005 г. осуществлял организаторскую и научную работу по психиатрии и наркологии в правоохранительных органах. Разработал и внес предложение об организации химико-токсикологической и психофизиологической диагностики, психолого-психиатрической, помощи и реабилитации сотрудников. Наряду с организационно-методической занимался научной, экспертной работой, осуществляя медицинское освидетельствование и контроль за состоянием военно-врачебной экспертизы по психиатрии-наркологии. Участвовал в реализации стратегии государственной антинаркотической политики в сфере профилактики, лечения и реабилитации наркологических заболеваний.
В 2009 г. окончил Российскую академию государственной службы при Президенте Российской Федерации (РАГС) по специальности психология.
В 2010 г. защитил диссертацию (дсп) на соискание ученой степени доктора медицинских наук в Военно-медицинской академии им. С.М. Кирова (г. Санкт-Петербург).
С 2010 г. – заместитель директора по клинической работе-главный врач ФГБУ «Московский НИИ психиатрии» Минздрава России.
С 2014 г. – заместитель генерального директора по научной работе и стратегическому развитию ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр психиатрии и наркологии имени В.П. Сербского» Минздрава России – базовой организации государств – участников СНГ в области психиатрии и наркологии.
Имеет сертификаты по психиатрии-наркологии, психиатрии, психотерапии, организации здравоохранения и общественному здоровью.
Многократно участвовал в различных отечественных и международных научно-практических съездах, конференциях, симпозиумах с докладами и постерными сообщениями.
Козлов А.А. является автором и соавтором 185 научных работ, включая монографии, в т.ч. 30 в зарубежных изданиях (Индекс Хирша РИНЦ – 13, Индекс Web of Science – 2).
С 2001 г. — член Европейской ассоциации психиатров (AEP – Association of European Psychiatrists).
С 2006 г. – член контрольно-ревизионной комиссии Российского общества психиатров (РОП).
С 2009 г. – член редакционного совета журнала РАМН «Наркология».
С 2015 г. – заместитель главного редактора журнала «Вопросы наркологии».
С 2016 г. – член редакционного совета журнала «Психология и право».
С 2017 г. — член редакционной коллегии «Journal of Addiction Research» (USA)
Награжден ведомственными наградами.